Un terrorista appartenente al "Trust" ha piazzato una bomba su Atlantide che esploderà nel momento in cui lo Stargate verrà attivato per spedire il consueto rapporto destinato al Quartier Generale. Mentre Sheppard cerca l'ordigno in tutta la città, la dottoressa Weir conduce degli interrogatori per individuare il terrorista.
Un giovane si presenta al Quartier Generale dello Stargate e dichiara di essere Jack O'Neill. Il ragazzo spiega di essere misteriosamente tornato indietro nel tempo durante la notte.